V současnosti umí lékaři pomocí CT zobrazit vnitřek lidského těla v 3D. Stejnou věc jsme schopni provést i s horninovými vzorky a dají se tak objevit například skryté zkameněliny. My ovšem taková data používáme pro studium vnitřního uspořádání minerálů a pórových prostor v hornině. Nicméně počítačové programy tohoto schopné jsou vysoce specializované, nákladné a tedy nedostupné. V rámci stáže by se student.ka zaměřil.a na analýzu mikro-tomografických dat z horninových vzorků a současně na vytvoření spolehlivého analytického pracovního postupu s využitím open-source prostředků a pravděpodobně i dávky vlastního programování. Stáž může probíhat částečně i v distanční podobě, pokud student.ka disponuje vlastními výpočetními prostředky. At present, doctors can use CT to visualize the inside of the human body in 3D. We are currently able to do the same thing with rock samples, so that hidden fossils, for example, can appear. However, we use such data to study the internal arrangement of minerals and pore spaces in the rock. However, computer programs of this ability are highly specialized, expensive and therefore inaccessible. During the internship, the student would focus on the analysis of micro-tomographic data from rock samples and at the same time on the creation of a reliable analytical workflow using open-source means and probably a batch of their own programming. The internship can take place partly in the distance form, if the student has his / her own computing resources. Software ImageJ, Fi.ji, Dragonfly, Blob3D, Quant3D

Takzvaná stébelnatá ortorula je krásná a poměrně vzácná hornina letmo připomínající zkamenělé dřevo. Její vzhled je dán výrazným lineárním uspořádáním minerálů, které tvoří protáhlá „stébla“ či „tužtičky“. Ne nadarmo se této hornině anglicky říká „pencil gneiss“. S touto horninou se u nás můžeme setkat v Kouřimské jednotce tvořené převážně ortorulou. Její původ leží v prvohorách, kdy nejprve vykrystalovala z magmatu jako žula a posléze byla během variského vrásnění přeměněna a deformována do dnešní podoby. Pomocí mikrostrukturní analýzy, analýzy krystalové přednostní orientace a chemického složení minerálů popíšeme a vysvětlíme vznik této jedinečné horniny na vzorcích zachycující postupný vývoj struktury stébelnaté ruly při vrásnění a deformaci.

Stáž je zaměřena na metody digitálního zpracování obrazu, s praktickou aplikací zejména na mikroskopické snímky biologických preparátů. Během stáže budeme pracovat především se snímky z pokročilého tzv. light-sheet mikroskopu: jde o poměrně velká obrazová data, obsahující řezy preparátu a zachycující jeho vývoj v čase. Stáž je orientována zejména na metody, založené na použití konvolučních neuronových sítí - student se mj. seznámí se základními bloky těchto sítí a se sítěmi typu U-net, používanými pro segmentaci. Budeme používat volně dostupné knihovny pro Python, jako je např. TensorFlow, scikit-image, scikit-learn, případně javový ImageJ. Pro práci využijeme také GPU karty, dostupné na pracovišti.

Nauč se programovat v prostředí Scilab určeném pro inženýrské výpočty! Tvým úkolem bude pomoc při přípravě dopravních simulací. Navíc ovládneš základy statistiky dopravních dat a dokážeš prezentovat výsledky graficky.